В конце войны пилот Коити Сикисима совершил вынужденную посадку на острове Одо. Там находилась секретная ремонтная мастерская японской армии. С наступлением темноты на базу обрушился гигантский монстр — местные жители прозвали его Годзиллой.
Вернувшись в Токио, Коити увидел лишь руины. Его родители погибли, от родного дома не осталось и следа. Он пытался начать всё заново. Случай свел его с девушкой, которая, как и он, потеряла всех. При ней был младенец, спасённый ею во время одного из авианалётов. Шли годы, раны понемногу затягивались. Коити устроился в команду, занимавшуюся разминированием фарватеров в заливе. Их утлое деревянное судёнышко однажды столкнулось с Годзиллой. После испытаний у атолла Бикини чудовище стало ещё огромнее и опаснее.